雅鲁藏布江黑颈鹤自然保护区是野生动物类型自然保护区，是黑颈鹤主要的越冬夜宿地和觅食地。
西藏雅鲁藏布江中游河谷黑颈鹤国家级自然保护区包括三大块分布于西藏“一江两河”地区的黑颈鹤主要的越冬夜宿地和觅食地，
地理坐标为北纬28°40′～30°17′，东经87°34′～91°54′，属野生动物类型自然保护区。保护区总面积为614350平方公里，核心区面积为134875平方公里，缓冲区面积为207225平方公里，实验区面积为272205平方公里。雅鲁藏布江中游河谷黑颈鹤国家级自然保护区成立于1993年，2003年晋升为国家级自然保护区。 保护区主要保护对象是国家一级保护动物—黑颈鹤及其越冬栖息地。保护区内有脊椎动物181种，其中鱼类19种，两栖类1种;爬行类3种;哺乳类41种。保护区内有国家一级保护动物黑颈鹤、雪豹、盘羊、胡秃鹫、玉带海雕、金雕等和二级保护动物棕熊、猞猁、藏原羚、岩羊等。有着较为完整的湿地生态系统，是黑颈鹤越冬的必要条件，因而具有极为重要的保护价值，同时，对于保护区区域内农耕等生存系统的调节和影响，也是湿地生态系统重要的价值所在。
黑颈鹤是世界上现存15种鹤类中最为珍惜的种类，全世界仅存10000只左右，被列入中国一级重点保护动物名录，同时还被列为(CITES)附录一中。黑颈鹤也是所有鹤类中唯一以高原为主要栖息地的种类。雅鲁藏布江中游河谷黑颈鹤国家级自然保护区作为珍惜水禽重要的栖息地、越冬地，保护价值非常大。数百只野生珍稀黑颈鹤从南方翩翩飞临拉萨市林周县一处农田觅食。通过观察，西藏高原生物研究所鹤类专家仓决卓玛发现这群黑颈鹤又多了5只。平均海拔在4000米以上，既是南亚、东南亚地区的“江河源”和“生态源”，也是中国乃至东半球气候的“启动器”和“调节区”。据美国国际鹤类基金会与西藏高原生物研究所专家统计，在西藏地区越冬的黑颈鹤种群数量为4200只，而1992年为3910只，西藏黑颈鹤数量呈逐年递增趋势。
长期从事黑颈鹤研究的仓决卓玛介绍说，黑颈鹤是国家一级重点保护野生动物，属高原特有鹤类。黑颈鹤体长130厘米，头顶裸露呈暗红色，前颈及上颈腹面披以黑羽而得名，主要分布在中国、印度、不丹和尼泊尔等国境内。在世界性的“濒危野生动植物种国际贸易公约”中黑颈鹤被列为全球急需气温救的鸟类。长期从事黑颈鹤研究的仓决卓玛介绍说，国际上对黑颈鹤的统计多以越冬期为准，这时同一群黑颈鹤的栖息地和觅食地相对固定，因而统计较为准确。在西藏地区统计时，科研人员不仅统计在地面上觅食的黑颈鹤，还对飞起的鹤群进行跟踪核实。从1990年开始，西藏高原生物研究所与美国国际鹤类基金会的专家合作，就西藏境内的黑颈鹤越冬种群数量、分布及其生态习性进行了全面的调查研究，获得了大量权威资料。专家发现，由于高原特殊的自然环境，黑颈鹤繁育率非常低，每窝仅产1—2枚卵，雌雄轮流孵化，通常只能孵出一只雏鹤，而且死亡率高。
“西藏黑颈鹤数量的增加，与生态环境的改善密不可分，”自治区林业局野生动物保护处卓玛央宗说。据卫星遥感最新监测，在黑颈鹤主要活动地——西藏雅鲁藏布江、拉萨河和年楚河“一江两河”流域，11年来通过采取生物和工程措施进行农业综合开发，很大程度上改善了生态环境。同时西藏除国家颁布的之外，还制定了许多野生动物保护法规，在黑颈鹤栖息和觅食区域严格限制人类活动。
自治区负责生态环境保护工作的副主席尼玛次仁说，西藏在林周和申扎两地成立了黑颈鹤越冬和繁育保护区，对黑颈鹤的保护目前正列入西部大开发生态环境保护范围内，西藏计划将黑颈鹤的主要活动地“一江两河”及周边地区列入国家级自然保护区。
1985年被列为西藏自治区级保护区的林周县保护区和申扎县保护区是黑颈鹤主要栖息地。由于保护措施得力，黑颈鹤到此地栖息的数量快速上升。据专业人员观测，每年到林周县越冬的黑颈鹤数量从1992年的近700只增加到现在的1600多只，停留时间也延长到半年左右。美国国际鹤类基金会与西藏高原生物研究所专家统计认为，到西藏越冬的黑颈鹤种群数量约为4200只左右，占到全球黑颈鹤种群数量的75%以上。
有关部门将西藏两个保护区升格为国家级自然保护区后，这两个保护区更名为西藏雅鲁藏布江中游河谷黑颈鹤国家级自然保护区、西藏色林错黑颈鹤国家级自然保护区。两个自然保护区总面积约为8000多平方公里。美国国际鹤类研究基金会主席乔治·阿吉波在考察完西藏黑颈鹤种群的生存环境说想不到黑颈鹤在这里还拥有一片优美、宁静的天空。